LCModel

-1H MRスペクトルから代謝産物の濃度を自動計算-

LCModel はMRI装置の1H MRS(PressまたはSteamシークエンス)から代謝産物の定量解析を行うソフトウェアです。代表的なMRメーカーのrawデータの読み込みに対応 しており、スペクトルを自動処理(FT, 位相補正等)し、カーブフィットした後に、MR装置、TE毎のBasis-setデータと比較し、代謝物毎のピーク分離で計算されるピークエリアから各代 謝産物の定量(水分を基準としたmM(mmol/L)濃度、または対Creatine比)計算を自動的に行います。分析結果はMRスペクトル、代謝産物の 名称、濃度、標準偏差(SD)の情報と共にポストスクリプト(PS)ファイル、CSVファイル、TXTファイルへ出力されます。オプション設定で指定代謝 物のピーク分離解析結果を出力することもできます。また解析後プロセス用のシェルスクリプトを変更してPSファイルからの画像変換、集計などをカスタマイ ズできます。

・Ver6.1からIMCL (筋細胞内脂肪)、EMCL (筋細胞外脂肪)の解析機能が追加されました(適用例:スポーツ医学、生活習慣病などの研究・解析)。

・ Ver6.2から、脂肪(lipid)、肝脂肪(liver)、胸部脂肪(breast)(適用例:メタボリック症候群、肝脂肪などの研究・解析)と脳髄 液(CSF:通常のNAA,Cho,Crのピークの代わりに、CSFではLac,Glcのピークを基準に解析します) 解析が追加されました。 脂肪解析の場合はbasis-setは必要ありません。(2007年9月)

本ソフトウェアを医療及び研究用途にご使用になる場合、ユーザの責任の下でご利用ください。
記載内容は予告なしに変更する場合があります。

ロゴ:LCModel
LCModel's home page

 

解析対象代謝物一覧
対応システム
データ入出力対応ファイルフォーマット
Basis-setsについて
ネットワーク接続例
ダウンロード、インストール
価格
FAQ – よくある質問についての回答

保守サービスのご案内(期間限定キャンペーンのお知らせ)


オプション ソフトウェア ☆☆☆
 1.LCModel with Myrian プラットフォーム(DICOM送受信、データベース、ビューア、レポート) New    
 2.LCModel with DICOM転送"スキャン君"

 

<重要> GEでLCModelをご利用の皆様へ
GEのソフトウェアをDV24にバージョンアップする場合、先にLCModelのバージョンを6.3-1H以上にアップグレードしてください。6.3-1Hより古いバージョンではDV24に対応していないのでLCModelで解析ができません。
LCModel最新バージョンのダウンロードはこちらから行ってください。

 

解析対象代謝物一覧

脳内代謝物 (デフォルトおよびCSFモード)

Ala L-Alanine
Asp Asparate
Cho Choline
Cr,Cre Creatine
GABA γ-Aminobutyric Acid
Glc Glucose
Gln Glutamine
Glu Glutamate
GPC Glycerophosphocholine
GSH(Ver6.3で追加) Glutathione
PCh Phosphocholine
PCr Phosphocreatine
Ins,mI myo-Inositol
Lac L-Lactate
NAA N-AcetylAsparate
NAAG N-AcetylAspartylGlutamate
Scyllo scyllo-Inositol
Tau Taurine
-CrCH2 Creatine methylene group
Gua(Ver6.3で削除) Guanidinoacetate

2HG(2-hydroxyglutarate)解析に関してはVer6.3以降で使用できる専用のbasis-setがあります。
※ LCModelによる2HG解析の参照論文(2HG) クリック 

筋細胞脂肪(Ver 6.1追加 muscleモード)

IMCL13 (intramyocellular lipids) 筋細胞内脂肪の1.3ppm付近のメチレン(-CH2-)ピーク
EMCL15 (extramyocellular lipids) 筋細胞外脂肪の1.5ppm付近のメチレン(-CH2-)ピーク

脂肪 (lipid,liver,breast モード)

Lip13 脂肪酸内のメチレンプロトン -CH2- に対応した1.3ppm付近のピーク
Lip09 脂肪酸の末端メチルプロトン CH3-に対応した0.9ppm付近のピーク
Lip16 –CH2–O–CO–CH2–CH2– 脂肪酸内のカルボキシル基のβ位のメチレンプロトン
Lip21 –CH2–CH2–CH=CH– 不飽和脂肪酸内のビニレン基のα位のメチレンプロトン
Lip23 CH2–O–CO–CH2–CH2– 脂肪酸内のカルボキシル基のα位のメチレンプロトン
Lip28 –CH=CH–CH2–CH=CH– 不飽和脂肪酸内の2つのビニレン基の間のα位のメチレンプロトン
Lip41 –CH2–O–CO–CH2–CH2– グリセリン内のメチレンプロトン
Lip43 –CH2–O–CO–CH2–CH2– グリセリン内のメチレンプロトン
Lip52,
Lip53
–CH=CH–  不飽和脂肪酸内のビニレンプロトン
および >CH–CH2–O–CO–CH2–CH2– グリセリン内のメチンプロトン
Cho コリンに対応した3.2ppm付近のピーク
Glycg (liver-11のみ)グリコーゲンに対応した3.5–3.9ppm付近のピーク

 

画像:LCModel(その1)

画像:LCModel(その2)

 

対応システム

ロゴ:Linux
Linux(Red Hat系Linux推奨。CentOS4,5で動作検証)

Intel PentiumII以上のCPUを搭載したPCが必要になります。
Window ManagerはKDE, GNOME, fvwm2を推奨します。

Old GNOME Window Managerをご使用になるとLCMgui windowを手動でMoving, Resizingする必要があります。
PentiumIV 2GHz以上のPCをご使用になれば、今まで使用していたUnixよりも解析が早くなると思います(開発者より)。
PostScriptファイルを表示するビューアーをインストールしてください。また、ネットワークから データ取得する場合、Samba, NFS, FTP等をインストールすることを推奨します(環境によって異なります)。

弊社では、LCModelをプリインストールしたLinuxシステムも販売しておりますので、お気軽にお問い合わせください。

 

データ入出力対応ファイルフォーマット

●入力対応ファイルフォーマット(PressまたはStreamシークエンスのRAWデータ)

Single-voxel data

  • Bruker fid files (if necessary, converted by you to analog mode with Bruker’s convdta). Also for ParaVision-3 fid files
  • GE 5.x Probe raw P-files and spectrum G-files
  • GE Probe raw P-files, including (new) 14.0 M3 P-files. Also for P-files with multi-channel (phased-array) data
  • Philips SDAT/SPAR pairs and enhanced DICOM files.
  • Picker (later Marconi, now Philips) DUMP files
  • Siemens *rda files transferred from the syngo PC console and Siemens raw files from the (old) Numaris-3 Unix console
  • Toshiba rawData files and (new) Version 7.xx (and later) DICOM files
  • Varian/Agilent fid files

一部のMulti-voxel(CSI) data(Philips, Siemensでは検証済み GEについてはSage側で対応必要)
上記ファイルフォーマットに関しては、各MRIメーカーにご確認ください。
MRI側に保存されているMRSデータの保存先は、各MRIメーカーにご確認ください。
日立に関しては、メーカー側ソフトウェアで対応しており弊社のLCModelでは解析できません。

 

●出力対応ファイルファーマット

  • PostScript(スペクトル形状を含む画像ファイル)
  • CSV(Excel形式のテキストの代謝物濃度の解析結果)
  • TXT(プレーンテキストの代謝物濃度の解析結果)

DICOMファイル対応には付属のオプションソフトウェアをご利用ください。

 

Basis-setsについて

・脳MRS解析時に成分の基準となるBasis-setファイルが必要になります。

・現状、対応している条件は下表になります。Pressの場合、記載されていない条件でもシミュレーションにより開発元で作成できます。Steamの場合はご相談ください。

※ Version 6.3 よりMRI装置メーカーごとのBasis-setは無くなり各メーカー共通のBasis-setになりました。

磁場強度 シークエンス エコー時間(TE)
1.5T Press 30, 35, 60, 135, 144, 270, 288
3.0T Press 25, 30, 35, 60, 80, 135, 144, 270, 288

備考1: 脳MRS解析(脳内のコリン、クレアチン、Nアセチルアスパラギン酸などの解析)では、Basis-setファイル(MRS解析の基準となるファントム撮像から作成された化合物のスペクトルデータのセット)が必要となります。
備考2: TRについては10000msを推奨していますが、一般には3000ms~4000ms程度が使用されています。
備考3: 肝臓脂肪、筋細胞脂肪、乳腺脂肪の解析の場合は内部シミュレーションで行いますので必要ありません(ソフトの仕様上、ダミーファイルを選択する必要はありますが解析に使用しません)。

 

ネットワーク接続例


ネットワークを介してのデータ取得は、基本MRIコンソールとの接続のみの対応となります。
ネットワーク接続に関しては、ネットワーク管理者、各MRIメーカーにご確認ください。
分析結果ファイルをネットワークプリンタ等にプリントアウトする場合、プリンタメーカーからLinux用ドライバーが提供されている必要があります。

※1東芝装置とネットワーク接続するためにはDICOM通信可能なソフトウェアを介在させる必要があります。
LCModel解析結果をDICOM化して、PACSなどに送信するには付属のオプションソフトウェアをご利用ください。

 

ダウンロード、インストール
(既存のユーザは上書きインストールで最新版にアップデートできます)

ダウンロード:
LastUpdate(2016/12/2) :
  64bit版 lcm-64_v6.3-1L.tar (11Mbyte)
  32bit版 lcm-32_v6.3-1L.tar (7.6Mbyte)

※アップデート後GEデータを解析する時、新しいデータのタグ情報と既存のProfileに保存されているタグ情報との互換性がない場合、保存ディレクトリがsaved直下になる場合があります。(解析時にタグ情報から自動で作成される保存ディレクトリが作成されない)
その場合GUI画面から「Reconfigure」ボタンを選択して「Restore Default」でProfileのディレクトリ生成方法をリセットし、 解析終了時に「Exit&Save」を選択してProfileを保存してください

インストール:
インストール方法を参照して下さい。[PDF / 14KB]

※ライセンス申請方法
ご購入時は導入されるPCに一旦LCModelをインストーしていただく必要があります。
テス トラン時に作成される~/.lcmodel/data-for-licensingファイルをE-mail等で送ってください。
また、解析時に成分の基準となるBasis-setファイルが必要になりますので

  • ユーザ名(担当者):
  • 会社名:
  • 部署:
  • E-mail:
  • TEL/FAX:
  • 使用MRのメーカー、機種名:
  • 磁場強度(1.5T, 3Tなど):

を一緒にご連絡ください。

ライセンスファイルは、PC固有のライセンスになります。

 

価格

お問い合わせください。

 

オプション ソフトウェア

LCModel with Myrian プラットフォーム

最新の仮想化テクノロジーを利用して1台のPCでLinux OS上でLCModel解析、そして、Windows OS上では高機能プラットフォームソフトウェアMyrian® Advance(DICOM通信/データベース管理、マルチモダリティビューア、レポート作成)を実行します。


<操作例>

① Dicom MRSデータ受信
(MR装置により未対応)
②Export→LCModel解析
③ Dicom化(ヘッダー編集可)
④’印刷/保存/PACS送信
④ 編集と保存
⑤ レポート作成
⑥ レポート印刷/保存/PACS送信

  • ライセンスモデルはLCModelと同じです。
  • LCModelを購入と同時にPCにプリインストールします。
  • すでにLCModel搭載PCをご購入のお客様にはPCのセンドバックで対応致します。ご相談ください。

 

LCModel with DICOM転送"スキャン君"

最新の仮想化テクノロジーを利用して1台のPCでLinux OS上でLCModel解析、そして、Windows OS上で解析結果をDICOM化して転送します。仮想化ファイル共有機能とLCModelの後処理スクリプトのカスタマイズでシームレスな操作性を実現しました。 DICOM転送ソフトウェアでは検索機能を使用してMWMあるいはPACSから患者情報一覧を取得し、患者を選択し、LCModel解析結果と共にDICOM化してPACSへ転送します。また、患者情報の手入力にも対応しています。


<接続例>

<操作例>

  • ライセンスモデルはLCModelと同じです。
  • LCModelを購入と同時にPCにプリインストールします。
  • すでにLCModel搭載PCをご購入のお客様にはPCのセンドバックで対応致します。ご相談ください。

 

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